Universitas Mualwarman atau yang biasa disebut Unmul memiliki Program Studi Kedokteran yang terbilang masih baru di lingkungan kampus. Program Pendidikan Dokter Universitas Mulawarman didirikan oleh Pemerintah Provinsi Kalimantan Timur bekerja sama dengan Universitas Mulawarman. Program ini diresmikan pada tanggal 1 November 2001 oleh Gubernur Kalimantan Timur Suwarna Abdul Fatah, Rektor Universitas Mulawarman Rachmad Hernadi, dan dari Konsorsium Ilmu Kesehatan Departemen Pendidikan Nasional, Ma’rifin Husin.

Dalam pelaksanaan awal kegiatan perkuliahan dilakukan dengan dosen tamu yang diambil dari RSUD Abdul Wahab Sjahranie Samarinda, Universitas Brawijaya, Universitas Hasanuddin dan Universitas Airlangga. Secara organisasi Program Pendidikan Dokter dipimpin oleh Latief Choibar Caropeboka dan berada di bawah Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. Sejak tanggal 1 Juli 2004, Program Pendidikan Dokter naik statusnya menjadi Program Studi Kedokteran Umum dan akhirnya menjadi Fakultas Kedokteran sejak tanggal 7 Mei 2008. Pada masa ini, Fakultas Kedokteran dipimpin oleh dr. Ika Fikriah, M.Kes

Fakultas Kedokteran Universitas Mulawarman memiliki kampus di Jalan Kerayan, Gunung Kelua, Samarinda. Selain itu fakultas juga memiliki Rumah Sakit Pendidikan di RSUD Abdul Wahab Sjahranie di Jalan Palang Merah Indonesia, Voorfo, Samarinda. Tempat pendidikan lain meliputi RSKD Atma Husada Mahakam, Samarinda untuk pendidikan Ilmu Kesehatan Jiwa, RSUD dr. Kanujoso Djatiwobowo, Balikpapan untuk pendidikan Ilmu Perinatologi dan Puskesmas Sempaja, Puskesmas Lempake dan Puskesmas Palaran di kota Samarinda untuk pendidikan Ilmu Kesehatan Masyarakat.

Kedokteran Unmul memiliki visi Fakultas Kedokteran yang terkemuka di tingkat regional dan nasional yang berwawasan Internasional dalam pengembangan pendidikan, penelitian, dan pengabdian masyarakat di bidang kedokteran dan kesehatan yang bertumpu pada hutan tropis lembab (tropical rain forest) dan lingkungannya pada tahun 2030 serta misi sebagai berikut:

1. Menyelenggarakan pendidikan Kedokteran dan Kesehatan yang berkualitas
2. Menyelenggarakan penelitian yang berwawasan internasional dibidang ilmu kedokteran dan kesehatan yang bertumpu pada hutan tropis lembab dan lingkungannya
3. Menyelenggarakan pengabdian masyarakat yang berorientasi pada peningkatan perilaku sehat masyarakat
4. Mengembangkan dan menjalin kerja sama dengan berbagai pihak untuk meningkatkan kapasitas, sarana, prasana, dan sumber daya manusia yang berkualitas

Biaya yang di keluarkan untuk menempuh pendidikan di Universitas Mulawarman terbagi menjadi lima kelompok UKT, yaitu kelompok 1 sebesar Rp. 25.537.000, kelompok II

Rp. 500.000, kelompok III Rp. 1.000.000kelompok IV Rp. 5.000.000 kelompok IV 10.000.0000.  dan kelompok IV15.000.000.