Program Studi Pendidikan Dokter UIN Alauddin ini telah digagas sejak masa kepemimpinan Prof. Dr. H. Azhar Arsyad, MA. sebagai rektor UIN Alauddin. Kebutuhan akan tenaga kerja dokter serta belum terakomodirnya putra-putri daerah berprestasi dari pelosok-pelosok desa khususnya wilayah Indonesia Timur, menjadi salah satu alasan urgensi pendirian prodi pendidikan dokter. Namun pada waktu itu terkendala oleh izin dari Kolegium Kedokteran. Namun UIN Alauddin tetap bertekad dan berkomitmen untuk hal tersebut. Komitmen UIN Alauddin Makassar tersebut dimulai dengan merekrut dokter PNS sejak tahun 2006 untuk memenuhi kebutuhan tenaga SDM.

Pada tahun 2011  dibawah kepemimpinan Rektor Prof. Dr. H. A. Qadir Gassing,HT., MS. UIN Alauddin terus berprogres namun bersamaan dengan itu moratorium pendirian Fakultas Kedokteran sedang diberlakukan. Namun hal tersebut tidak menyurutkan langkah untuk terus berprogres. Momen moratorium tersebut dipergunakan sebaik mungkin untuk berbenah melengkapi segala kebutuhan baik dokumen maupun fasilitas.

Pada tahun 2015,   pendirian Fakultas Kedokteran mulai dibuka kembali. Kesempatan ini tidak disia-siakan,   UIN Alauddin mengajukan proposal pendirian Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan, dimana didalamnya terdapat empat prodi dari Fakultas Ilmu Kesehatan bergabung bersama Prodi Pendidikan Dokter dibawah naungan Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan. Proposal diajukan ke Kemenristekdikti, dan pada akhirnya setelah dievaluasi, dari 60 perguruan tinggi yang mengajukan proposal hanya dua perguruan tinggi yang dinyatakan memenuhi syarat, salah satunya dalah UIN Alauddin Makassar.

Pada akhirnya per tahun 2016 FKIK UINAM secara resmi mendapat izin operasional.Selain mendapat izin operasional, FKIKUINAM juga telah diakui secara resmi dalam keanggotaan AIPKI (Asosiasi Institusi Pendidikan Kedokteran Indonesia) yang dikukuhkan keanggotaannya pada tahun 2016 dalam acara Muktamar AIPKI di Lampung

UIN atau Universitas Islam Negeri Alauddin Makasar ini baru diresmikan pada tahun 2015 dan mulai menerima mahasiswa baru pada tahun 2016 melalui jalur SNMPTN, jalur mandiri, dan jalur afirmasi. Jalur afirmasi merupakan jalur pemihakan bagi kaum dhuafa dan para hafidz Qur’an untuk dapat mengenyam pendidikan kedokteran secara gratis. Pada saat ini tenaga dosen berjumlah 30 orang dokter. Beberapa diantaranya merupakan lulusan dari Universitas Hiroshima Jepang, Universitas Taiwan, dan Universitas Adelaide Australia. Kedokteran UIN Alauddin memiliki UKT sebesar dari tingkatan UKT II RP. 2.000.000-RP. 16.500.000, UKT III RP. 2.600.000-RP.22.000.000, UKT IV RP. 3.250.00-27.500.00, dan UKT V RP. 3.900.000-RP. 33.000.000.

Kedokteran UIN Alaudiin Makasar ini beralamatkan di Kampus I UIN Alauddin, Jl. sultan alauddin No.63 makassar meiliki visi terdepan dalam pengembangan pendidikan kedokteran berbasis peradaban Islam dan memiliki misi yaitu:

1. Menyelenggarakan pendidikan akademik dan profesi kedokteran dengan mengedepankan profesionalisme dan mempertimbangkan kearifan lokal yang berbasis intelektual keislaman
2. Menyelenggarakan penelitian yang kreatif dan inovatif di bidang kesehatan ibu dan anak yang berbasis integrasi keislaman
3. Menyelenggarakan pengabdian masyarakat yang aplikatif untuk peningkatan kesehatan ibu dan anak yang merefleksikan kedinamisan integrasi keilmuan
4. Mewujudkan tata kelola yang baik yang mencerminkan nilai-nilai universal islam