Universitas Khairun atau yang biasa disebut Unkhair didirikan oleh Pemerintah Daerah Kabupaten Maluku Utara bersama tokoh masyarakat pada tahun 1964 melalui pendirian Yayasan Pembina Pendidikan Khairun tahun 1964 tanggal 15 Agustus 1964 dan terdaftar sebagai Perguruan Tinggi Swasta (PTS) berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan (PTIP) Nomor 100/B/SWT/1965 tanggal 15 Februari 1965.

Pendirian Unkhair dilihat dari rentang kendali untuk mengenyam pendidikan di Maluku Utara sudah selayaknya terjadi. Kondisi ini ditandai dengan para lulusan SLTA yang mengalami peningkatan, serta para orang tua mereka yang bekerja sebagai Tani, Nelayan, Buruh, dan Usaha Kecil, yang pendapatan perkapitanya sangat minim untuk membiayai pendidikan mereka keluar dari daerah Maluku Utara. Ditambahkan lagi, kondisi ini juga merupakan wujud dari pemerataan pembangunan intelektual dengan daerah-daerah lain di Indonesia (khusus Indonesia Timur). Hal inilah yang menjadi catatan bagi para pendiri Unkhair tersebut.

Kedokteran Universitas Khairun terbentuk pada 2016 dan sudah melakukan penerimaan mahasiswa baru pada tahun itu. Kedokteran Unkhair yang beralamatkan di Gambesi, Ternate Sel., Kota Ternate, Maluku Utara memiliki visi unggul dalam ilmu pendidikan kedokteran berbasis kepulauan  pada tahun 2025 serta misi sebagai berikut:

1. Menyelenggarakan, mengembangkan dan membina pendidikan dan pengajaran, penelitian dan pengabdian pada masyarakat dibidang kedokteran berbasis kepulauan.
2. Mengembangkan organisasi dalam meningkatkan kualitas tata kelola yang baik (good university governance) yang mendukung proses pendidikan dan pengajaran, penelitian dan pengabdian pada masyarakat serta mampu beradaptasi dengan perubahan lingkungan strategis.
3. Mengembangkan kerjasama dan jejaring (networking) secara berkelanjutan dalam Pendidikan dan pengajaran, penelitian dan pengabdian masyarakat di bidang kedokteran dengan berbagai pihak baik pada tingkat Regional, Nasional maupun Internasional.

Biaya yang dikeluarkan untuk menempuh Pendidikan Kedokteran di Universitas Khairun ini terbagi menjadi lima kelompok UKT, kelompok I sebesar Rp. 500.000, kelompok II Rp. 1.000.000, kelompok III Rp. 16.400.000, kelompok IV Rp. 19.680.000, kelompok V Rp. 23.160.000. Untuk info lebih jelas mengenai Kedokteran Unkhair dapat mengunjungi https://fk.unkhair.ac.id/ dan http://pspd.fk.unkhair.ac.id/ serta dapat menelpon ke nomor telepon 0921-3110901.